Dans le film Anges et démons, tiré du roman de Dan Brown, le bâtiment abritant les Archives Secrètes du Vatican apparaît comme un joyau d'architecture high-tech avec des étagères enchâssées dans des vitres par-balles et un système ultra-sophistiqué pour protéger les documents de l'air ambiant. La réalité est un peu différente. Il n'y a pas l'air conditionné dans les salles et les chercheurs doivent consulter des cartes manuscrites plutôt qu'un catalogue informatique. De quoi enflammer les imaginations ? Avec plusieurs millions de documents et 85 km de rayonnage, on se dit que l'endroit doit bien recéler quelques mystères.
Depuis 1881 pourtant, les Archives Secrètes Vaticanes (Archivum Secretum Vaticanum) sont ouvertes au public et Le Vatican prétend encourager les universitaires à venir consulter sa collection. Environ 1500 cartes de lecteurs sont octroyées chaque année. L'accès du public est toutefois restreint aux pièces de collection allant jusqu'à l'époque de Pie XI, c'est à dire jusqu'en 1939. En dépit de la campagne menée par certains historiens et associations juives, les documents concernant Pie XII ne seront pas accessibles avant 2014. Le cardinal Raffaele Farina, l'archiviste de la Sainte Église romaine, prétend que la raison de ce délai est purement technique. Selon eux, il y aurait encore des milliers de documents à cataloguer et à classer avant d'en autoriser la consultation.
Depuis l’époque apostolique, les papes ont pris le soin de conserver les textes qui découlaient de leur activité. L’ensemble de ces textes était conservé dans le scrinium Sanctae Romanae Ecclesia, qui, de fait, suivait les papes dans leurs diverses résidences. Toutefois, suite à la fragilité des papyrus (généralement utilisés dans l'administration pontificale jusqu'au XIe siècle), aux déménagements ainsi qu'aux vicissitudes politiques, presque toutes les archives antérieures à Innocent III (1160-1216), ont été perdues. La collection couvre aujourd'hui une période continue de plus de huit cent ans de l'histoire de la papauté et de ses relations avec les princes ou les hérétiques.
Selon le site Internet du Vatican, les archives comptent deux salles de lecture, une pièce d'index, une bibliothèque interne, un laboratoire dédié à la restauration et aux reliures, un second consacré à la préservation des sceaux, un laboratoire de photographie et de numérisation, un centre informatique et de traitement des données, et un service administratif. Le préfet des Archives secrètes du Vatican, l'évêque Sergio Pagano, explique qu'étymologiquement le mot «Secretum » (dans Archivum Secretum Vaticanum) signifie « privée » ou « personnel » et non « secret ».
Bien que le Vatican affirme qu'aucun document n'a été délibérément mis au secret, il arrive de temps en temps que les chercheurs exhument des textes oubliés et fassent des découvertes inespérées. En 2001, par exemple, l'historienne italienne Barbara Frale a retrouvé un document appelé Parchemin de Chinon, dont des extraits étaient connus de longue date des spécialistes. Ce texte tend à prouver qu’en 1308, le pape Clément V a secrètement absous le dernier maître des Templiers, Jacques de Molay, et les autres responsables de l’Ordre du Temple, des péchés que l'Inquisition médiévale leur avait reproché. En 2007, le Vatican publie une édition limitée du Parchemin de Chinon sous le titre Processus contra Templarios ou Le procès contre les Templiers.
De nombreux mystères restent cependant irrésolus. Ainsi les actes du procès de Galilée (1564-1642). Seul un des trois volumineux «dossiers» inquisitoriaux de Galilée a été retrouvé à ce jour. Ces volumes ont été réunis et conservés pendant des siècles par la Congrégation de l’Index. En 1801, Napoléon saisit et déplace les archives du Vatican à Paris. On sait que les actes du procès de Galilée passe ensuite dans les mains du duc de Blacas. La veuve de ce dernier les renvoie aux Archives Secrètes Vaticanes en 1843. Un Volume (560 folios, soit 1120 pages) est publié en juin 2009, à l'occasion de l’Année internationale de l’astronomie. Cette nouvelle édition comprend les documents déjà connus auxquels s’ajoutent une vingtaine de nouveaux issus des Archives du Saint-Office trouvés après 1991. La révision du procès Galilée, menée sous la direction du cardinal Paul Poupard, alors président du conseil pontifical de la culture, à la demande de Jean-Paul II, s’est achevée en 1992.
Parmi les trésors conservés aux Archives vaticanes, le plus anciens est le Liber Diurnus Romanorum Pontificum. Ce document contient des informations sur la chancellerie papale qui remontent au 8ème siècle. En raison du chevauchement des affaires temporelles et religieuses, les archives du Vatican possèdent de nombreux textes historiques essentielles pour la communauté laïque. Il est impossible dans faire une liste exhaustive mais on peut citer l'abondante correspondance concernant Martin Luther et le problème luthérien qui aboutit au schisme de l'Église et à la naissance du protestantisme ; une collection de travaux de Galilée comme Le Messager des étoiles ou le Dialogue sur les deux grands systèmes du monde ; ainsi que des contrats concernant les plus prestigieuses sculptures de Bernini. Parmi les documents les plus connus, il y a une série de lettres de Michel-Ange à l'évêque de Césène afin d'obtenir des subsides supplémentaires pour payer les soldats chargés de garder les matériaux destinés aux travaux de la Basilique Saint-Pierre.
Un échantillon de ces trésors est présenté dans un ouvrage collectif qui vient de paraître dans quatre langues (Français, Anglais, Italien et Néerlandais) : Les archives secrètes du Vatican, éditions VdH, 2009, 252 pages. Une centaine de documents ont été sélectionnés dont 19 inédits. Parmi la sélection de l'éditeur, il y a une lettre datant du 13ème siècle, rédigée par le petit fils de Ghengis Khan et adressée au papa Innoncent IV. Il s'agit du plus ancien document connu en langue mongole. Il y a également, une lettre de Marie Stuart (1542-1587) écrite quelque mois avant qu'elle ne soit accusée d'avoir comploté contre sa cousine, Élisabeth Ire d'Angleterre, et ne soit décapitée. Elle demande au pape Sixte V, l'absolution de ses pêchés.